Fra il 425 ed il 450 d.C. sono ricordati lavori di restauro all'acquedotto, curati da uno dei primi cittadini di Nora. In seguito le notizie divengono quasi inesistenti, anche sotto il punto di vista della documentazione archeologica. Verosimilmente l'abbandono del mare ai pirati ed alle scorrerie dei Vandali che, fra il 456 ed il 466 d.C. occuparono la Sardegna, provocò il rapido decadere di Nora, che proprio dai traffici marini riceveva la sua principale ragion d'essere. Non è impossibile che da adesso inizi il lento abbandono del luogo da parte degli abitanti, che si ritirarono nell'interno in posti più sicuri; nel VII secolo l'Anonimo Ravennate parla ormai di Nora praesidium: Nora fortezza dunque, e non più centro urbano. Con ogni verosimiglianza il colpo di grazia fu dato dalla scorrerie arabe che infestarono le coste meridionali sarde agli inizi dell'VIII secolo. La zona era ormai abbandonata, ma sussistono sporadiche tracce di vita rinvenute nei livelli superiori dei crolli degli edifici romani.
Un polo di coesione dovette rimanere, nei pressi di Nora, nell'istmo, la chiesetta legata alla tradizione del martirio di Sant'Efisio, che fu edificata, così come è ora, sia pure con aggiunte nei secoli XVIII e XIX, dopo il 1089 dai frati Vittorini di Marsiglia. Il culto di S.Efisio è sempre rimasto vivissimo sino ai giorni d'oggi, e prova della sua vitalità e con-flessione con Nora è data dal fatto che, in periodo Giudicale, quando la città era ormai abbandonata da tempo, esisteva come entità giuridica ed amministrativa la Curatoria di Nora.